El IEB es una institución moderna que funciona como una red, descansando en alto grado en la internet como herramienta organizativa. Los científicos del IEB pertenecen a cinco universidades chilenas y dos fundaciones privadas. Adicionalmente, en la actualidad el IEB mantiene vínculos de investigación con científicos de 16 países.

Las principales áreas de especialización del IEB son la paleoecología, paleoclimatología, biogeografía, macroecología, dinámica de ecosistemas, ecología forestal, ecología evolutiva, filogenética molelcular, biología reproductiva de plantas, biología del comportamiento, microevolución, modelamiento ecológico, biología de la conservación, ética ambiental y conservación biocultural. Al momento de su fundación, los actuales miembros del IEB sumaban sobre 700 publicaciones científicas, entre éstas, 14 libros, y varias publicaciones en Science y Nature.

El IEB cuenta con estaciones de terreno y sitios permanentes de estudio que existían previamente: Fundación Senda Darwin en la Isla Grande de Chiloé; Fundación Omora en la Isla Navarino; Cordillera de los Andes cerca de Santiago, en el área de clima mediterráneo de Chile central; y Parque Nacional Fray Jorge, en el área de desierto costero con lluvias invernales.