El Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB) es uno de los nueve institutos de investigación formados bajo el alero de la Iniciativa Científica Milenio (ICM) de Chile. Estos institutos son centros de excelencia, que reúnen a científicos que comparten una filosofía y metas de investigación. El IEB fue concebido en 2005, y desde marzo de 2006 recibe apoyo financiero. Esta nueva institución emergió del antiguo núcleo de la ICM "Centro de Estudios Avanzados en Ecología e Investigación en Biodiversidad" (CMEB), incorporando nuevo personal al equipo original. Desde el año 2008 es uno de los centros con Financiamianto Basal de CONICYT (Comisión Nacional de Ciencia y Tecnología), cuyo principal objetivo es promover la transferencia de la investigación científica a la sociedad y aportar al desarrollo sustentable de Chile. La creación del IEB es una etapa natural en la consolidación de un grupo de científicos y sus estudiantes de postgrado que han estado trabajando en estrecha colaboración desde hace 20 años. La semilla del IEB inició su germinación en 1978 con el establecimiento del Laboratorio de Sistemática y Ecología Vegetal en la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile.

El IEB es una institución moderna que funciona como una red, descansando en alto grado en la internet como herramienta organizativa. Los científicos del IEB pertenecen a seis universidades chilenas y dos fundaciones privadas. 

En la actualidad el IEB mantiene vínculos de investigación con científicos de 16 países. Las principales áreas de especialización del IEB son la paleoecología, paleoclimatología, biogeografía, macroecología, dinámica de ecosistemas, ecología forestal, ecología evolutiva, filogenética molelcular, biología reproductiva de plantas, biología del comportamiento, microevolución, modelamiento ecológico, biología de la conservación, ética ambiental y conservación biocultural. Al momento de su fundación, los actuales miembros del IEB sumaban sobre 700 publicaciones científicas, entre éstas, 14 libros, y varias publicaciones en Science y Nature. El IEB cuenta con estaciones biológicas y sitios de estudio de largo plazo como El Parque Nacional Bosque Fray Jorge en la Región de Coquimbo, el sitio Farellones en la Cordillera de los Andes central cercano a Santiago, la Estación Biológica Senda Darwin en la Isla Grande de Chiloé y el Parque Etnobotánico Omora en la Isla Navarino.